Danska stjórnin boðaði til þjóðfundar í Reykjavík sumarið 1851. Lagði hún frumvarp fyrir fundinn, þar sem þjóðréttindi Íslendinga voru höfð að engu. Íslensku fulltrúarnir lögðu hins vegar fram annað frumvarp undir leiðsögn og forystu Jóns Sigurðssonar. Var þar byggt á kenningum hans í Hugvekjunni frá 1848. Ekki leist konungsfulltrúa, Trampe greifa, á frumvarp Jóns Sigurðsssonar og samherja hans og sleit hann því fundinum í nafni konungs. Þá hljómaði setningin sem margir kannast við:

„Vér mótmælum allir.“

Á þjóðfundinum tók Jón Sigurðsson endanlega forystu fyrir Íslendingum í baráttu þeirra fyrir auknum stjórnarfarslegum réttindum og hélt henni til æviloka.

Frjáls verslun
Á undirbúningstíma sínum lagði Jón sig fram um að kynna sér allt sem hann gat viðvíkjandi verslunar- og hagsögu Íslands. Hann benti á að verslunarfrelsi væri undirstaða þjóðfrelsis. Hann hamraði sífellt á því að einokunarverslunin hefði haft afgerandi áhrif til ills fyrir þjóðina. Öflug forysta hans hafði úrslitaáhrif á að verslun við Ísland var gefin öllum þjóðum frjáls 1. apríl 1855.

Fjárkláðinn
Á árunum upp úr 1857 sýktist sauðfé landsmanna unnvörpum af fjárkláða sem var afleiðing af innflutningi erlends kynbótafjár. Fjárkláðinn olli harðvítugum deilum í landinu. Meiri hluti Alþingis og stór hluti bænda vildi beita niðurskurði en Jón Sigurðsson var sannfærður um, að lækningar væri besti kosturinn. Hann fylgdi þeirri sannfæringu eftir í verki með því að gerast erindreki dönsku stjórnarinnar, ásamt Tscherning, yfirdýralækni Dana. Tíminn leiddi í ljós að Jón hafði í raun rétt fyrir sér, en aðstæður í landinu voru þannig þá, að lækningar voru lítt framkvæmanlegar. Margir fylgismanna Jóns sneru við honum baki um skeið vegna fjárkláðans, en flestir náðu þó sáttum við hann síðar.

Við Austurvegg
Þau Jón og Ingibjörg bjuggu í Kaupmannahöfn allan sinn búskap, lengst af að Östervoldgade 8, en það kölluðu Íslendingar við Austurvegg. Var það leiguhúsnæði og greiddi Jón fyrir það sem svaraði rúmlega 80 þúsund krónum íslenskum í húsaleigu á mánuði, fyrir utan ljósmeti og hita. Hiklaust má segja að heimili þeirra hjóna hafi verið félagsmiðstöð og athvarf Íslendinga í Höfn meðan þeirra naut við. Jón og Ingibjörg voru barnlaus, en tóku til fósturs og ólu upp Sigurð, systurson Jóns.

Jón forseti
Vorið 1851 var Jón kosinn forseti Hafnardeildar Bókmenntafélagsins og var hann þá staddur á skipi á Atlantshafi á leið á þjóðfund. Var þetta gert að honum forspurðum. Störf hans fyrir félagið urðu mjög umfangsmikil og gegndi hann forsetastarfinu til æviloka. Af þessu starfi fékk hann viðurnefnið forseti.

Ólaunaður sendiherra
Segja má að Jón hafi verið nokkurs konar ólaunaður sendiherra Íslendinga í Kaupmannahöfn og að hann hafi haldið þar uppi viðskiptaskrifstofu fyrir þá á eigin kostnað. Sá hlutur var varla til sem landar hans báðu hann ekki um að hjálpa sér með. Gerði hann það með glöðu geði, þar sem hann vissi að það var snar þáttur í pólitískri velgengni hans.

George Powell og Íslandssagan
Breskur stórbóndasonur og Íslandsvinur, George E. J. Powell að nafni, rétti Jóni Sigurðssyni hjálparhönd og þar með íslensku þjóðinni, með því að fjármagna ritun Íslandssögu, sem Jón átti að sjá um. Var hér um háa fjárupphæð að ræða. Atvik höguðu því svo, að aldrei tókst Jóni að standa við ritun Íslandssögunnar fyrir Powell, þó rannsóknir á sögu Íslands væru ævilangt viðfangsefni hans. Stjórnmálin tóku sinn tíma. Powell hafði skilning á þessu og vildi ekki fá eyrisvirði aftur til baka af framlögðu fé. Hann virðist hafa haft mikinn skilning á hlutverki Jóns Sigurðssonar í þeirri Íslandssögu sem þá var að gerast. Íslandsvinurinn Powell ætti skilið að við Íslendingar héldum nafni hans á lofti með einhverjum hætti.