Tveimur árum eftir komu sína til Kaupmannahafnar tengdist Jón Árnasafni, þar sem andlegur þjóðarauður Íslendinga, handritin, var geymdur. Átti hann eftir að starfa þar meira og minna alla tíð síðan, enda varð hann með tímanum helsti sérfræðingur í íslensku handritunum á 19. öld. Auk starfa við Árnasafn, vann Jón geysi mikið fyrir ýmsa aðila á sviði íslenskra fræða, en þau urðu ævistarf hans utan stjórnmálanna.
Aldrei hafði hann þó að föstu starfi að hverfa.

Tólf ára útivist
Frá 1833 til 1845 bjó Jón Sigurðsson í Kaupmannahöfn við nám og störf. Allan þann tíma kom hann ekki til Íslands. Þetta var viðbúnaðartími undir það sem fram skyldi koma. En unnusta hans sat heima í festum.

Ný félagsrit
Vorið 1841 hófu Jón og nokkrir félagar hans útgáfu á Nýjum félagsritum og var það ársrit. Hafði Jón veg og vanda af ritinu alla tíð og var það höfuðmálgagn hans. Útgáfan var alltaf mjög erfið og mætti misjöfnum skilningi heima á Íslandi. Ný félagsrit komu út í þrjátíu ár. Upplagið af Nýjum félagsritum, sem margir mundu telja að verið hafi uppreisnarblað, fékk Jón Sigurðsson að geyma uppi á háalofti í dönsku konungshöllinni!