Vorið 1830 gerist Jón skrifari hjá Steingrími biskupi Jónssyni í Laugarnesi og var hann í vist hjá honum í þrjú ár. Ljóst er að dvöl hans hjá biskupi hafði mikil áhrif á allt lífsstarf hans síðar. Áhugi Jóns á íslenskum fræðum og öllu því sem íslenskt var, sem hann hafði fengið í æsku, blómgaðist í biskupsgarði. Þar hafði hann aðgang að stóru bókasafni og mesta safni íslenska handrita og skjala sem þá var til í landinu. Launin hjá biskupi lagði hann fyrir.

Háskólanám og aukastörf
Þremur árum síðar sigldi Jón til Kaupmannahafnar og innritaðist til náms í málfræði og sögu við háskólann þar og þurfti hann að sjá fyrir sér sjálfur. Hann lauk aldrei embættisprófi. Fljótlega eftir að Jón kom til náms í Kaupmannahöfn, hlóðust á hann alls konar aukastörf, enda var hann mjög eftirsóttur til starfa vegna hæfileika sinna. Áhugi hans á íslenskum þjóðmálum jókst einnig mjög um þetta leyti.

Greiðvikinn og bóngóður
Það orð fór af Jóni í Kaupmannahöfn að hann væri hirðumaður mikill og nákvæmur um fjármál. Snemma varð hann greiðvikinn og bóngóður. Hann var manna færastur jafnaldra sinna að afla sér fjár, enda leituðu þeir oft til hans þegar þeir voru "blankir," og mun Jón oftast hafa kunnað einhver úrræði.